Unter dem Mikrobiom versteht man die Gesamtheit aller Mikroorganismen, die in und auf unserem Körper leben, und in unserem Verdauungstrakt  besonders konzentriert vorkommen. Das Mikrobiom ist zwar entlang des gesamten Verdauungstrakts präsent, der Dickdarm ist jedoch der Hauptsitz des Mikrobioms. Hier befindet sich die größte Dichte und Vielfalt an Mikroorganismen, da er ihnen ideale Wachstumsbedingungen bietet. Auch im Dünndarm gibt es Mikroorganismen, allerdings in viel geringerer Anzahl und Vielfalt als im Dickdarm. Der Dünndarm ist für die Verdauung und Aufnahme der meisten Nährstoffe aus unserer Nahrung zuständig, während der Dickdarm durch das Mikrobiom für uns unverdauliche Reste weiterverwertet und in wertvolle Stoffe wie kurzkettige Fettsäuren (SCFAs) umwandelt, die weitere Energie für unseren Körper liefern.