Die Einordnung von Bakterien in für den Menschen "gut" oder "schlecht" erfolgt durch umfangreiche wissenschaftliche Untersuchungen anhand von molekularbiologischen Techniken, in-vitro und in-vivo Analysen, sowie klinischen Studien. Unter "guten" Bakterien versteht man im Kontext des menschlichen Mikrobioms solche, die in einer symbiotischen Beziehung mit dem menschlichen Körper leben, d.h. beide Seiten profitieren voneinander ohne den Wirt (Mensch) zu schädigen. Diese "guten" Bakterien verhindern beispielsweise, das Wachstum und die Vermehrung pathogener Mikroorganismen durch Konkurrenz um Nährstoffe und Besiedlungsplätze.